Contém 15 exemplares, dos números 01 ao 15.
O planeta Terra foi destruído por seres alienígenas chamados Gaunas. Felizmente, os humanos conseguiram sobreviver lançando-se ao espaço em enormes naves espaciais. Porém os Gaunas continuam atrás dos seres humanos e as naves são obrigadas a fugir deles. Mil anos se passaram desde a destruição da Terra, e a história segue o jovem Nagate Tanikaze, um novato que viveu sua vida toda no subsolo de Sidonia (uma das imensas naves que saíram da terra), e não conhece essa sociedade. De cara ele é colocado como piloto de guardião e agora Nagate buscará proteger Sidonia da ameaça dos Gaunas.